Dans un monde, post-apocalytique, contaminé et stérile, les habitants survivent dans d'immenses cités mobiles appelées Regios. Les cités disposent toutes d'un corps militaire qui lutte contre les intrusions des Contaminés, des dangereux parasites qui menacent les Régios. Ces "soldats" utilisent des Dites et leur kei pour combattre.

Lors de son arrivé à Zuellni, Layfon est témoin d'un combat entre deux étudiants des Arts Militaires. Il s'interpose afin de secourir une élève. Le directeur décide alors de l'integrer à l'une des sections combattantes afin de protéger la cité. C'est le début d'une série d'évènements étranges...